El 2 de Julio de 1869 se publicó el decreto de creación del Seminario San Rafael que dió la partida a la más importante Obra de la Iglesia en Valparaíso durantre el siglo XIX.
El Colegio Seminario San Rafael fue fundado en 1870 por el Arzobispo de Santiago Monseñor Rafael Valentín Valdivieso, con el objetivo de suscitar vocaciones para el sacerdocio y formar cristianos comprometidos con la Iglesia la sociedad.
Para este propósito, designó como promotor de la Obra y primer rector a Don Mariano Casanova.
En esta perspectiva el Colegio procura entregar los medios que posibiliten el desenvolvimiento posterior del alumno como sujeto responsable y consciente de sus capacidades y limitaciones.
Desde su fundación el Seminario ha entregado numerosos sacerdotes a la Iglesia, y hombres de bien a la sociedad, quienes han asumido roles de responsabilidad en diversos ámbitos de la vida nacional, asumiendo en muchos de ellos responsabilidades de dirigentes en lo social, político, económico y eclesial.
Valioso Patrimonio
A través de su historia, el Seminario ha ido atesorando un valioso patrimonio educacional, cultural y religioso.
El Seminario posee uno de los museos de historia natural más valioso de todo el país a nivel escolar. Fue donado en 1881 por el exalumno señor Arturo Edwards Ross cuando ejercía como profesor del establecimiento.
La hermosa capilla del Seminario data del año 1876, gracias a la particular preocupación del plesbítero don Claudio Sanchez Fontecilla.
Cinco hermosos frescos aportados por don Mariano Casanova, adornan el cielo del templo. Por su parte, el exalumno don Arturo Edwards donó en 1884 los hermosos vitrales importados especialmente de Burdeos, Francia.
Como una forma de prolongar la acción educacional Pastoral, en 1975 se fundó la sede Viña del mar, de acuerdo al espíritu de la Iglesia de Valparaíso, cual orientación y responsabilidad somos depositarios.
En 1981 bajo el episcopado de Monseñor Emilio Tagle se inauguró el nuevo edificio de la casa central (Actual edificio de Enseñanza básica) y en 1985 el Obispo Monseñor Francisco de Borja Valenzuela Ríos inauguró el nuevo edificio viñamarino.
El día 28 de Diciembre de 1998 el Obispo Monseñor Gonzalo Duarte García de Cortázar inauguró el edificio principal de la casa central completándose el proceso de renovación de la Obra creada en 1870 y proyectándose para el nuevo milenio.
Fundación Arzobispo Rafael Valentín Valdivieso
Por disposición del entonces Obispo Diocesano Monseñor Jorge Medina Estévez, el 23 de Julio de 1995, se creó la fundación Arzobispo Rafael Valentín Valdivieso, bajo cuya tutela quedó el colegio, lo que le permitió su total autonomía.
La fundación asumió de inmediato la gestión y realización del nuevo edificio para la casa Central.
Toda la actividad académica del seminario esta orientada, en términos modernos a la búsqueda del desarrollo integral de la persona; la formación de cristianos comprometidos con su entorno socio cultural, y, finalmente, a suscitar la vocación sacerdotal, aspiración principal del Seminario San Rafael.
Presencia de la niñas
Con el nuevo edificio de Valparaíso se incorporó un gran cambio en sistema educativo del colegio en Valparaíso. Por primera vez se integraron las niñas a la matrícula escolar, asumiendo el colegio el sistema de co-educación, lo que permitió integrar a la familia en pleno en el proceso educativo.
Quehacer Pastoral
Dentro del proyecto educativo, se da una importancia fundamental a la formación pastoral de los alumnos, creándoles conciencia de un efectivo compromiso con el mandato evangélico y las orientaciones de la Iglesia, a través de las Misiones, Campamentos de formación cristiana, CEVAS, etc.
Por ello, el colegio cuenta con un centro pastoral en Maintecillo donde se realizan las jornadas de curso, los retiros espirituales, y otras actividades de carácter pastoral en un ambiente grato y acogedor.
Desde 1993 tiene bajo su responsabilidad el centro pastoral de los Perales, destinados a las mismas actividades en una instancia moderna y cómoda para la tarea evangelizadora de la juventud.